Я всегда пользуюсь вот этой:
http://www.eapteka.ru/
из тех, что я пробовала (около десятка) в этой "по совокупности" самые низкие цены, ассортимент достаточно широк (то есть большинство лекарств присутствет), заказ выполняется быстро и без "косяков" и накладок. Другими аптеками пользуюсь иногда только из-за какого-нибудь специфического препарата, который там оказывается в наличии или дешевле. Но в половине случаев наталкивалась на нессответствие представленного на сайте с реальным (то "по этой цене кончилось", то "вы знаете, сейчас этого лекарства нет") - а в Е-аптеке такого нет (то есть могут после ночного заказа по форме позвонить и да, сказать, что препарата нет и будет только через 3 дня в такой именно форме, и т.п., но это нормально - электронная база не может моментально поспевать за изменениями).